Pour former un fossile, il faut que l’animal ou le végétal soit rapidement enfoui sous des sédiments (lors de bouleversements géologiques dus à des catastrophes naturelles…) pour éviter sa destruction par l’oxygène de l’air, les matières dures ou compactes sont ainsi préservées.. Au fil du temps, les couches successives de sédiments, sont devenues si importantes que s’y crée une pression telle qu’elles se transforment en roche. Les infiltrations d’eau à travers les sédiments et la roche charrient des minéraux qui remplacent progressivement la matière originelle qui a été emprisonnée…

Par exemple, depuis près de 500 millions d’années,les coraux se développent dans les mers et océans du monde entier. Ces animaux marins ont subi, au fil des temps, des enfouissements dus aux mouvements des plaques tectoniques. Très lentement, le carbonate de calcium de leurs squelettes est remplacé par des minéraux, majoritairement de la silice, dans des solutions acides, à basse température et pression. A la fin du processus de compression, le minéral qui a remplacé l’animal est un quartz microcristallin, de l’agate. Les colorations qui peuvent s’opérer sont dues à des minéraux piégés dans la silice (fer, manganèse,..).